Es uno de los dos fondos en los que se desglosa el Fondo de Compensación Interterritorial a partir del sistema de financiación autonómica implantado en 2001. El otro es el Fondo de compensación.
La función del Fondo Complementario es financiar gastos de inversión destinados a promover directa o indirectamente la creación de renta y riqueza en el territorio beneficiario. Otra de sus funciones, y a solicitud de los territorios beneficiarios, será financiar gastos necesarios para poner en marcha las inversiones financiadas con cargo al Fondo de Compensación o a este Fondo, durante un plazo máximo de dos años.