Es el dinero que cobra la entidad depositaria por custodiar (tener almacenados) los activos adquiridos por el fondo de inversión. Esta comisión, junto con la comisión de gestión, va asociada al propio funcionamiento y operatividad de los fondos de inversión.

Es ineludible, todos los fondos de inversión la tienen. También se le conoce como comisión de custodia.

Su cálculo se realiza sobre el patrimonio del fondo o el valor nominal de los valores que tiene en cartera el fondo. Se cargan diariamente al fondo y van incluidas dentro del valor liquidativo de la participación. Por lo tanto, el partícipe no debe abonar gasto alguno por estos conceptos. El límite legal en términos de comisión de depositaría o custodia que las gestoras no pueden superar es del 0,2% del patrimonio del fondo, sin embargo, puede variar en función de la modalidad de fondo de inversión.